251-资源推荐——Rstudio server教你学各种组学分析

刘小泽写于2021.8.6 生信学习从不缺少资源，这不偶然看到一个好的R组学分析学习资源，和你分享

前言

看到生信界的一大活跃人物Sean发了个推文，说有个bioc workshop，点进去看了下确实资源很多，并且还提供免费的Rstudio server来练手

链接在：http://app.orchestra.cancerdatasci.org/1

举个例子

目前有60多个workshop，涵盖了很多组学分析，比如rnaseq、scrna、atac、宏基因组、hic等等，竟然还有中文版本

点击右边的launch就会跳转到Rstudio server，不过需要等待一会才能进入

我们就来看一眼这个中文版的scrna分析吧：

首先看readme

主要包含以下几个点，这些应该都是学员比较关心的问题（需要准备什么、学多久、怎么学、能学到什么）：

• Workshop Description
• Pre-requisites
• R / Bioconductor packages used
• Time outline
• Learning goals
• Learning objectives
• Analyze a 10x dataset which contains 4K cells (https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/datasets).
• Run basic steps included in scRNA-seq analysis.
• Learn how to interpret on scRNA-seq analysis generated results.
• Take away some tips and tricks on generating related plots.

然后就是它的操作部分，做成了Rmd文件

基本上使用scater + scran走了一下标准流程的前半部分

• 数据准备（下载10x PBMC4k数据并读取）
• 质量控制
• 数据标准化
• 特征选择 + 降维
• 聚类分析
  • 使用louvain算法进行聚类: buildSNNGraph + igraph::cluster_louvain
  • 寻找聚类特异表达基因：findMarkers
• 使用singleR进行细胞类型注释

不得不说，现在cellranger + seurat的组合是最常用的了，但是分析工具的选择也不拘泥于它们，还可以尝试其他的，比如我在之前写的：** 《单细胞交响乐》**就大量使用了scater以及SingleCellExperiment这个数据结构

最后，大家赶快去探索吧！