248-生信小白的福音——有人帮你做了知识整理，还有动画指导

刘小泽写于2021.6.4 今天无意中搜索到了一个不错的网站，马上写一写，分享给大家

看作者

https://github.com/rnnh

看样子是一个比较低调的人

上网站！

https://rnnh.github.io/bioinfo-notebook/

它主要包含三部分：

• 简介（命令行、系统、文件格式），比如文件格式这里他写的就很不错，简洁明了：

  

• 常用的一些软件已经常用参数说明

  • Augustus
  • BLAST
  • Bcftools
  • Bowtie
  • Bowtie2
  • Conda
  • Fasterq-dump
  • Fastq-dump
  • FeatureCounts
  • Htseq-count
  • OrthoFinder
  • SAMtools
  • SPAdes
  • sgRNAcas9

• 接着就是重头戏：简单变异流程、RNAseq、基因组注释等等一键式流程

说一下这个一键式流程——以转录组为例

一般我们的转录组流程是：下载数据（如果是SRA，还需要转fastq）=》质控=》过滤=》比对 =》 定量 =》 差异分析

这里作者提供了两个脚本，一个负责上游定量（Fastq-dump to featureCounts.sh ） ，一个负责下游的差异分析DE analysis edgeR script.R

网站是：

• https://rnnh.github.io/bioinfo-notebook/docs/fastq-dump_to_featureCounts.html
• https://rnnh.github.io/bioinfo-notebook/docs/DE_analysis_edgeR_script.html

竟然还贴心提供了动画指导：

https://asciinema.org/a/308745?autoplay=1

新手用他的脚本，跟着一步步输入参数即可

最后看一下他的脚本：

是不是也可以从中学习一些shell代码编写技巧呢？

https://github.com/rnnh/bioinfo-notebook/blob/master/scripts/fastq-dump_to_featureCounts.sh

最后

• 能看出来作者的用心分享，必须点个赞！

• 如果是新手的话，确实能通过这个操作提高信心，完成一个小任务

• 因为是一键式流程，也存在一些弊端，就是可调控性降低，尤其是下游要做到真正的一键式不太容易；但起码能顺利得到一个结果，也是不错的