211-用代码得到的图如何更方便达到发表级别呢？

刘小泽写于2020.10.26

需求由来

我们很多时候直接从上游、下游分析得到的图片，是达不到投稿要求的，尤其是大小、线条粗细、字体、大小等等，这也是非常让人头疼的事情

举个例子

你的火山图用代码做出来（如下），可能不会在意这么多细节，数字、趋势是你关注的。

但真要投稿了，必须保证一个slide中（一般都是A4 大小）可以容纳多个图片，而且排列分布要合理，并且四周要留白，还需要留出figure legends的位置

比如已发表的文章中，可能是这样的：

总之，尽可能将图缩小，同时保证细节不损失，字和线条能看清

调整图片的方式

一般常用的有AI和PPT两种，AI最好导出eps格式，PPT可能是更多人使用的工具，那么如何将图片导出为PPT格式，我们之前也介绍过： 再也不用费力调整GO富集分析的输出图片了

非常值得注意的问题

请注意，如果图片中包含的点太多（例如相关性散点图、火山图等等），你的PPT打开的那一刻，很可能就出现了卡顿，更不用说后期再缩放调整了。当然，也许你说开始先把点和线组合起来，后面直接对它们缩放是不是就好一点呢？我感觉帮助不大，当你组合的时候，如果点特别多，卡顿还是会发生

如何比较快的完成一幅图的修改呢？

第一步 初步确定图片的形状

在导出之前，就最好先想想我要得到的图片是什么形状的：是偏正方形还是长方形。大小可以不用担心，后期缩放完全没问题，重点就是对于形状的确定，因为你导出为长方形的图，后面再怎么操作，也不会得到正方形，同时又保证点不会扭曲畸变

比如，我想得到发表级别的正方形的图，那么我在导出时，就在Rstudio中将这个预览窗口调成差不多正方形（也不用那么精确），然后这样保存的图就是基本正方形的了

第二步 保证图片边框清晰可见

这一步是为了将图片缩小后，我们依然可以看到边框，所以一开始可以设置大一点（比如2-3 pt），而如果一开始就设置1pt，后面基本就看不清了

这个的实现，全靠ggplot的theme

theme(axis.title.x=element_blank(), #隐藏x轴title
      axis.title.y=element_blank(), #隐藏y轴title
      axis.text.x=element_blank(), #隐藏x轴刻度对应的名称
      axis.text.y=element_blank(), #隐藏y轴刻度对应的名称
      panel.border = element_rect(fill=NA, colour = "black", size=3), #调整边框粗细
      axis.ticks = element_line(size = 2),#调整刻度线粗细
      panel.grid.major = element_blank(), # 不要ggplot2背景线一
      panel.grid.minor = element_blank(), # 不要ggplot2背景线二
      legend.position = "none" )#隐藏legend

第三步 导出除了字以外的图片

一张图上除了点、线还有字，这里需要注意：我们导出图片（可以是png、tiff等），但不要文字，因为这里导出的文字意义不大（即使你可以设置好大小、字体，但一般后续都还要重新来一遍）。

只要图片，类似下面这样：

第四步 PPT中插入图片，然后编辑文字

文字部分通过PPT的文本框，可以自定义字体、大小，非常方便。内容就根据原来代码得到的结果去复制粘贴

而且如果有多张类似的图（比如4张火山图），可以先做好一张，后面的直接复制粘贴文本框即可

最后

一张slide中，经过缩放图片，然后添加文字，就可以得到自己想要的图片布局。

而且后期即使再修改（比如调大图片）也不怕，文本框也同时变大、对齐即可，更重要的是，我们不会编辑到图片中的元素，因此不会出现图中点发生畸变的现象

总结

核心就是：不要试图手动修改图片中的元素（点、线）！

应该用代码生成除了文字外的图片=》导出（立刻将点、线”锁定“）=》我们只需手动编辑文字框（这也是比较安全、快捷修改图片的方式）