205-新get的小鼠基因组知识

Aug 13, 2020 4 min read cnposts

刘小泽写于2020.8.26 之前做小鼠有关的组学实战，一般就是去UCSC、Ensembl或者NCBI三大数据库去获取参考基因组，再进行比对等操作。直到昨天，我才知道，参考基因组只是其中一个品系而已，另外还有很多其他品系可以搜索，于是来探索一下

第一个被测序的小鼠基因组

参考：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/grc/mouse https://baike.baidu.com/item/C57BL/6/6247218?noadapt=1

当时组装参考基因组使用的品系是：C57BL/6J

1921年立特(Little)用艾比·拉特洛坡(Abby Lathrop)的小鼠株，雌鼠57号与雄鼠52号交配而得C57BL。1937年从C57BL分离出C57BL/6和C57BL/10两个亚系。

C57BL/6，常被称作“C57 black 6”、“C57”或者“black 6”（标准简称为B6）, 是一种常见的近交品系实验鼠。在遗传学试验中广泛用作转基因鼠以模拟人类的基因缺陷类疾病。因其可用作同类系、易于繁殖和体格健壮等特性，是使用范围最广、销量最好的一支鼠株品种。

由于B6品系是第一个完成基因组测序的小鼠，因此获得了广泛的关注

目前有三个版本：

就像hg19、hg38一样，小鼠也是有mm9（GRCm38）【诞生于2012年1月】、mm10（GRCm39）

不同数据库的基因组命名也是不同的

以我之前做的人类基因组为例：

不同版本之间的坐标不同，注意转换，可以参考UCSC的工具：https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgLiftOver

来自Sanger研究所的小鼠基因组计划

参考：https://www.sanger.ac.uk/data/mouse-genomes-project/

小鼠的品系多种多样

除了B6品系，还有很多其他的实验小鼠，比如BALB/C品系，具有白化、免疫缺陷，是近交品系。1913年培育，1974年定名为BALB/cByJ。它对致癌物特别敏感，可用于肾癌、肺癌等动物模型构建。另外，还可以用于杂交瘤和单克隆抗体的制备，在免疫研究中也比较广泛。

计划初衷

小鼠基因组计划还在进行，目的是将实验室常见小鼠品系之间所有形式的遗传变异进行编目，并为关键品系构建和注释参考基因组。

主要有两个方向，都是基于NGS：

研究序列变异：短读长测序并以C57BL/6J为参照，鉴定其他品系的变异（SNP、InDel、SV）
组装基因组：从头组装并得到常用品系的基因组注释

研究序列变异

包含了以下的品系：

所有比对的bam文件在：ftp://ftp-mouse.sanger.ac.uk/current_bams

所有鉴定的变异VCF在：ftp://ftp-mouse.sanger.ac.uk/current_snps

所有的变异信息都已发布，并且可以无限制使用，可以引用：
Mouse genomic variation and its effect on phenotypes and gene regulation. Keane TM, Goodstadt L, Danecek P, White MA, Wong K et al. Nature 2011;477;7364;289-94 PUBMED: 21921910; PMC: 3276836; DOI: 10.1038/nature10413