197-也许是最方便的SRA数据下载方式

刘小泽写于2020.6.15

之前下载数据会自己去GEO找sra-selector，然后下载SRA后使用fastq-dump转为fq，或者可以自己去找fastq的下载链接，直接下载，省去转换数据这一步。但还有更”懒“的方法：自己只需要输入编号，就能获得下载脚本，并且还提供了重命名服务。

今天要介绍的就是一个网页工具：https://sra-explorer.info/#

前言

它是瑞典斯德哥尔摩的Phil Ewels开发的，他的个人主页在：http://phil.ewels.co.uk/

他参与开发的项目包括：MultiQC、ClusterFlow、QC Fail、10XQC等等

SRA Explorer的使用非常简单，也很高效

界面很清爽：

搜索

支持输入：GSE、SRA、SRP、PRJ、EPR，甚至直接通过物种+组织+测序技术搜索

即使一个SRX包括超过一个数据集的时候（多个SRR），也会返回结果，例如：SRX1067547包含两个run

可以组合搜索，但一个词中间不能用空格，比如chipseq不能写成chip seq，否则会被认为是chip + seq组合方式

还可以在一个项目中选取特定测序技术的数据

选好之后，添加到购物车

然后点击上面的：

下载

支持多种下载方式，包括下载fastq、sra，或者下载样本信息

比如下载fastq文件，可以只使用它给出的ftp链接，或者直接下载他的curl -L 普通下载脚本，甚至还贴心给出了Aspera下载链接，还帮忙做了重命名

关于配置aspera可以看： 来吧，加速你的下载

这些虽然都是批量出的脚本，但作者的贴心还是很值得称赞的

后面如果需要样本信息，也可以直接下载到：

可能存在的问题

如果下载量很大，比如几百个数据，那么要检查一下下载的脚本，会不会遗漏一两个。但是十几个应该还是问题不大的