177-大佬推荐必是精品

刘小泽写于2020.3.19 偶然看到大佬又在推荐精品资源，于是进去看了看，确实写得很走心，和你分享可以详细学习学习 资源就是：Bioinformatics Workbook（https://bioinformaticsworkbook.org/list.html） 里面会提供原始数据供下载练习，并且提供了详细的脚本，应该有几十个超链接，每个打开平均能学1个小时左右

入门-命令行使用

• Unix基础
• 集群HPC使用
• SSH技巧
• Bioawk使用

效率-项目管理

• 如何组织服务器数据
• markdown笔记组织
• todolist

BLAST使用

• 示例讲解
• 批量运行

实验设计相关

数据获取和处理

• 数据传输
• fasta格式处理
• excel数据处理
• NCBI SRA数据管理

生信格式介绍

• Reads, Contigs, Scaffolds and Chromosome
• 文件格式：FASTA、FASTQ、GFF、GTF、VCF、SAM、BAM
• 质量值

转录组分析

• 有参

  

  从下载数据开始练习：

  

• 无参

• 差异分析

• 10X单细胞转录组练习

基因组组装和注释

• 组装多个软件：Canu、SPAdes、 MaSuRCA
• 注释：Maker Gene Prediction、Braker2 Gene Prediction、motif鉴定（MEME and FIMO）
• 组装质量检测：GenomeScope、UniVec、PhiX
• Scaffold组装：Pyscaf、Hi-C scaffolding
• 示例练习：苏云金杆菌数据、拟南芥数据
• 遗传图谱构建

比较基因组学

• 学习Opscan, Iadhore and Circos
• 用R包处理：GeneOverlap 、phylostratr

找变异

• FreeBayes variant calling workflow for DNA-Seq
• GATK Best Practices Workflow for DNA-Seq
• SNP calling for GBS data using Stacks pipeline
• SNP calling for GBS data using Tassel pipeline (GBS.v2)

基因组重复序列鉴定

• Helitron Identification in a Genome Sequence
• DNA Transposon Annotation with Inverted-Repeats Finder
• LTR Retrotransposon Annotation with LTR-Finder
• Repeat Annotation from Next-gen Sequencing Reads Using RepeatExplorer
• De-Novo Repeat Identification and Annotation from Genome Assemblies using RepeatModeler and RepeatMasker
• Tandem Duplication Annotation in a Genome Assembly Using Mummer and RedTandem

数据可视化

• 简单的查看命令
• R语言示例代码演示boxplot、heatmap
• 基因组组装的gaps可视化
• DotPlots for comparing genomes