167-IGV载入bam后出错怎么办?

刘小泽写于2020.2.16 虽然是一个小问题,但也不能慌

关于IGV的介绍

之前写过几篇:

目前,官网更新到了2.8.x版本

问题来源

先做一个测试的小bam文件

先将bam文件进行sort

samtools sort -@ 4 -o test.sort.bam test.bam

然后只要它的1号染色体

samtools view -h test.sort.bam chr1 | samtools view -Sb - > test.small.bam

最后构建索引

samtools index test.small.bam

把bam同.bai一起导出来

将bam放入IGV中,一开始是没有问题的

但当放大想查看具体的比对结果时,出现了:

应急方法

这其实就是索引文件的问题,怎么办?不要惊慌,其实也不需要去服务器重新做一遍索引、再导出,我们直接利用IGV自带的igvtools工具就好了,先能完成任务即可

Tools =》 Run igvtools , 然后选择Index ,并且指定好文件的位置

关于这个位置信息:不要手动输入,这样可能会输错。

windows利用我的电脑中显示的的文件链接:

mac可以直接把文件拖进terminal,路径会立刻出来:

然后运行即可:

之后利用它构建的index,bam文件就能顺利加载进来啦

Yunze Liu
Yunze Liu
Bioinformatics Sharer

Co-founder of Bioinfoplanet(生信星球)

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