132-你还在每次配置Rstudio的下载镜像吗？

刘小泽写于19.8.15

初级模式

相信大家在使Rstudio的时候为了加速包的下载，都会配置一个国内镜像，最开始是要在Rstudio的程序设置中

但是这个是CRAN的镜像，如果要下载Bioconductor的包，这个镜像是没有办法用的；另外即使设置了这里，Rstudio也不是每次都能真的从CRAN去下载包，可以通过options()$repos来检验，很多时候还是无奈地回到了R的国外官网，速度超慢😛

升级模式

为了保证我们可以自定义CRAN和Bioconductor的下载镜像，其实是可以在Rstudio中进行设置的，只需要运行这两行代码即可：

# options函数就是设置R运行过程中的一些选项设置
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #对应清华源
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") #对应中科大源
# 当然可以换成其他地区的镜像

但是这种方法还是有问题，你下次再打开Rstudio会发现，下载Bioconductor还是会回到官方镜像，可以查询options()$BioC_mirror 试试，如果你的依然是自己设置的国内镜像，就不用管了；如果发现需要再重新运行一遍代码进行设置，那么就需要继续看下面的内容

高级模式

我不想每次打开Rstudio都要运行一遍镜像配置，还要找之前的代码去复制，想要快点完成下载这个事情，怎么破？

这里就需要用到R的配置文件 .Rprofile

说起来这个，就必须提到Rstudio最重要的两个配置文件：在刚开始运行Rstudio的时候，程序会查看许多配置内容，其中一个就是.Renviron，它是为了设置R的环境变量（这里先不说它）；而.Rprofile就是一个代码文件，如果启动时找到这个文件，那么就替我们先运行一遍（这个过程就是在启动Rstudio时完成的）

这个文件的配置其实可以多样（比如linux中我们在.bashrc文件中添加alias 作为快捷命令）

首先用file.edit()来编辑文件：

file.edit('~/.Rprofile')

然后在其中添加好上面👆的两行options代码

最后保存=》重启Rstudio，这时你再运行一下：options()$repos和options()$BioC_mirror 就发现已经配置好了，就很方便地省了手动运行的步骤